コンピュータクワガタ

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urlPattern解決なり(たぶん)

結論から言うと、S2ExecuteConfigが違うバージョンのものを見ていたと思う。
Eclipseが悪いかWTPが悪いかはわからないけれども、EclipseWTPで同一ワークスペースに複数プロジェクトがあり、かつ同一のパスのファイル名があると、上(プロジェクト名がアルファベット順で並ぶので、そういう意味の上)のプロジェクトのファイルが参照される「こと」があるという現象(デバッグで見ると確実に変なファイルを見ている。)で、変なS2ExecuteConfigを参照しているのかなと思います。
S2ExecuteConfig.javaのソースを持ってきて、ソースフォルダに置いて実行したら問題なく実行できました。
はまったおかげでSAStrutsのソースもだいぶ読んだので、中の挙動は何となくわかりました。めでたしめでたし。